Les préparations de millepertuis présentent des contre-indications avec divers médicaments tels que la digoxine, contraceptifs oraux, théophylline, amitriptyline, benzodiazépines, méthadone, simvastatine, finastéride, immunosuppresseurs (ciclosporine, tacrolimus en usage systémique), antirétroviraux (amprénavir, indinavir et autres inhibiteurs de protéase), irinotécan et anticoagulants (warfarine et fenprochon). Personnes prenant des préparations concomitantes de millepertuis avec d’autres médicaments ne doivent pas arrêter de prendre du millepertuis sans surveillance médicale, car l’arrêt brutal de Hypericum perforatum peut entraîner une augmentation des taux plasmatiques de ces médicaments. Les patients photosensibles doivent être prudents en cas d’exposition directe au soleil pendant la Millepertuis.