Déconseillé chez les enfants, les femmes enceintes ou allaitantes et les personnes souffrant d’obstruction des voies biliaires. La berbérine peut potentialiser les effets des traitements à base de cyclosporine chez les personnes transplantées. Elle pourrait également exercer un léger effet hypotenseur, c’est pourquoi une surveillance est recommandée chez les patients sous traitement antihypertenseur. La prise de berbérine en association avec des anticoagulants peut augmenter le risque d’hématomes et de saignements. Les personnes sous traitement antiarythmique doivent consulter leur médecin. La berbérine augmente les concentrations plasmatiques de dextrométhorphane, de losartan et de midazolam, ce qui peut renforcer l’effet de ces médicaments. Chez certaines personnes, la berbérine peut provoquer des troubles digestifs légers, tels que des nausées et des diarrhées. Dans une étude clinique (Yin et al), 34,5 % des patients atteints de diabète de type 2 traités à la berbérine (500 mg trois fois par jour) pendant 13 semaines ont présenté des effets secondaires gastro-intestinaux transitoires, tels que diarrhée, constipation, flatulences et douleurs abdominales.